聚合酶鏈式反應生物學研究的歷史中占據了重要的地位。以此為基礎發展出包括Real-time PCR在內的多項應用技術。自誕生后Real-time PCR技術持續發展，從簡單的增擴到整個PCR過程，Real-time PCR表現出比PCR更敏感、更明確的定量分析特性和對識別等位基因的能力。不少人以為real-time就是意味著可以在顯示器上看到每個循環增擴曲線的增長。事實并非如此，早期的軟件不能在運行期間提供可視化的增擴曲線。主要是因為SDS軟件采用整個平臺較終的數據執行數據分析工作，而不是分析每個單獨的反應循環。對某些設備來說，必須向分析軟件提供實時的數據，有些設備則不需要。前一種設備允許軟件實時跟蹤每個加樣口的增擴曲線，同時顯示在電腦屏幕上。實時熒光定量PCR（QuantitativeReal-time PCR）是一種在DNA擴增反應中。上海特殊樣本RT-PCR檢測技術研究方案

Real-time PCR：基線（baseline)：通常是3－15個循環的熒光信號，同一次反應中針對不同的基因需單獨設置基線。閾值（threshold)：自動設置是3-15個循環的熒光信號的標準偏差的10倍。手動設置：置于指數擴增期，剛好可以清楚地看到熒光信號明顯增強。同一次反應中針對不同的基因可單獨設置閾值，但對于同一個基因擴增一定要用同一個閾值。Ct值：與起始濃度的對數成線性關系，分析定量時候一般取Ct:15-35.太大或者太小都會導致定量的不準確。相對定量：通過與內參基因Ct值之間的相差來計算基因之間的表達差異,一般是2-△△Ct。或者是考慮擴增效率的Pfaffl法。溫州微量熒光定量PCR方案實時設備的軟件能使收集到的數據進行正常化處理來彌補背景熒光的差異。

PCR的反應條件：dNTP濃度過高會加快反應速度，但同時還可以增加堿基的錯誤摻入率。引物濃度過高會引起錯配和非特異性產物擴增。TaqDNA聚合酶濃度過高會引起錯配和非特異性產物擴增，低則合成產物量減少。TaqDNA聚合酶無校正功能，摻入錯誤率達2*E-4個核苷酸，一個30個循環的擴增反應0.1%-0.25%總錯誤率。在90～95度下可使整個基因組的DNA變性為單鏈。一般94～95度30～60s。時間過長使TaqDNA聚合酶失活和dNTP破壞增多。DNA很快冷卻到40～60度使引物和模板結合。引物長度在15～25時退火溫度。熱啟動/冷完成聚合酶鏈反應是通過新的雜合聚合酶實現的，這些酶在環境溫度下不活躍。

聚合酶鏈式反應：因為PCR擴增了目的DNA區域，所以PCR可以用于分析極少量的樣品。這對于法醫檢定法，當時只有微量的DNA可作為證據。聚合酶鏈反應也可用于分析古代DNA那已經有數萬年的歷史了。這些基于聚合酶鏈反應的技術已經成功地應用于動物身上，例如四萬年前猛犸，以及人類DNA，定量聚合酶鏈反應或者實時聚合酶鏈反應不要與逆轉錄-聚合酶鏈反應方法混淆)允許估計樣品中存在的給定序列的量——這種技術通常用于定量確定基因表達的水平。定量PCR是一種已建立的DNA定量工具，用于測量每輪PCR擴增后DNA產物的積累。聚合酶鏈反應的試劑應分配到一次性的等分試樣中。Real-time PCR在實驗過程中注意避免mRNA的斷裂。

Real-time PCR從用途上分可以分為定性分析和定量分析：定性分析指的是用于分析待檢測的樣本中是否存在我們想要檢測的成分，即待檢測成分有無的分析。通常，定性分析可以應用于病毒以及病原菌的檢測，物種鑒定以及基因分型等。病毒及病原菌檢測，如SARS、H1N1病毒，都可以通過Real-time PCR的方法進行高靈敏度的檢測，定性分析樣本是否已被病毒傳播。物種鑒定如我們國家的一些檢驗檢疫機構，想要檢測進口的牛肉制品中是否含有雞源、豬源或鴨源等成分，或者用于檢測羊奶中是否會摻有牛奶等等，可以通過Real-time PCR的方法進行檢測。基因分型，如啤酒型，肥胖型基因的檢測，就是Real-time PCR在基因分型方面的應用。聚合酶鏈反應的這種能力增強了許多方法，例如生成雜交探針用于雜交。無錫骨頭RT-PCR檢測技術

Real-time PCR技術已經被普遍用于監測細胞mRNA表達量的變化。上海特殊樣本RT-PCR檢測技術研究方案

聚合酶鏈反應同時擴增單個精子中幾個基因座的能力增強了極大地增強了通過研究減數分裂后染色體交叉來進行基因定位的傳統任務。通過分析數千個單個精子，已經直接觀察到非常緊密基因座之間罕見的交叉事件。類似地，可以分析異常的缺失、插入、易位或倒位，所有這些都無需等待(或支付)漫長而艱苦的受精、胚胎發生等過程。定點突變：聚合酶鏈反應可用于產生突變基因，突變由科學家隨意選擇。可以選擇這些突變來理解蛋白質是如何完成其功能的，并改變或改善蛋白質功能。聚合酶鏈式反應的模板的取材主要依據PCR的擴增對象，可以是病原體標本如病毒、細菌、菌類等。上海特殊樣本RT-PCR檢測技術研究方案

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