PCR的反應條件：dNTP濃度過高會加快反應速度，但同時還可以增加堿基的錯誤摻入率。引物濃度過高會引起錯配和非特異性產物擴增。TaqDNA聚合酶濃度過高會引起錯配和非特異性產物擴增，低則合成產物量減少。TaqDNA聚合酶無校正功能，摻入錯誤率達2*E-4個核苷酸，一個30個循環的擴增反應0.1%-0.25%總錯誤率。在90～95度下可使整個基因組的DNA變性為單鏈。一般94～95度30～60s。時間過長使TaqDNA聚合酶失活和dNTP破壞增多。DNA很快冷卻到40～60度使引物和模板結合。引物長度在15～25時退火溫度。熱啟動/冷完成聚合酶鏈反應是通過新的雜合聚合酶實現的，這些酶在環境溫度下不活躍。Real-time PCR探針法適用于擴增序列專一的體系的檢測。黃山特殊樣本熒光PCR

內標在傳統定量中的作用，由于傳統定量方法都是終點檢測，即PCR到達平臺期后進行檢測，而PCR經過對數期擴增到達平臺期時，檢測重現性極差。同一個模板在96孔PCR儀上做96次重復實驗，所得結果有很大差異，因此無法直接從終點產物量推算出起始模板量。加入內標后，可部分消除終產物定量所造成的不準確性。但即使如此，傳統的定量方法也都只能算作半定量、粗略定量的方法。內標對定量PCR的影響，若在待測樣品中加入已知起始拷貝數的內標，則PCR反應變為雙重PCR，雙重PCR反應中存在兩種模板之間的干擾和競爭，尤其當兩種模板的起始拷貝數相差比較大時，這種競爭會表現得更為明顯。但由于待測樣品的起始拷貝數是未知的，所以無法加入合適數量的已知模板作為內標。也正是這個原因，傳統定量方法雖然加入內標，但仍然只是一種半定量的方法。武漢血液RT-PCR檢測技術技術服務Real-time PCR利用螢光信號累積實時監測整個PCR進程。

Real-time PCR鏈反應：嵌套聚合酶鏈反應:通過減少DNA非特異性擴增的背景，提高DNA擴增的特異性。兩組引物用于兩個連續的PCR。在個反應中，一對引物用于產生DNA產物，除了預期的靶之外，該產物可能仍然由非特異性擴增的DN段組成。然后用一組引物將產物用于第二次聚合酶鏈反應，所述引物的結合位點完全或部分不同于次反應中使用的每個引物，并且位于其中的3’。嵌套式PCR在特異性擴增長DN段方面通常比傳統PCR更成功，但它需要更詳細的目標序列知識。重疊延伸聚合酶鏈反應或者通過重疊延伸拼接(SOEing):一種用于將兩個或多個含有互補序列的DN段拼接在一起的基因工程技術。它用于連接含有基因、調節序列或突變的DN段；這項技術可以創造特定的長DNA構建體。它還可以將缺失、插入或點突變引入DNA序列。

Real-time PCR鏈式反應的常見問題：靶序列變異：如靶序列發生突變或缺失，影響引物與模板特異性結合，或因靶序列某段缺失使引物與模板失去互補序列，其PCR擴增是不會成功的。假陽性：出現的PCR擴增條帶與目的靶序列條帶一致，有時其條帶更整齊，亮度更高。引物設計不合適：選擇的擴增序列與非目的擴增序列有同源性，因而在進行PCR擴增時，擴增出的PCR產物為非目的性的序列。靶序列太短或引物太短，容易出現假陽性。需重新設計引物。出現片狀拖帶或涂抹帶：PCR擴增有時出現涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。其原因往往由于酶量過多或酶的質量差，dNTP濃度過高，Mg2+濃度過高，退火溫度過低，循環次數過多引起。其對策有：減少酶量，或調換另一來源的酶。②減少dNTP的濃度。適當降低Mg2+濃度。增加模板量，減少循環次數。聚合酶鏈式反應準備：PCR所用的酶主要有兩種來源：Taq和Pfu，分別來自兩種不同的噬熱菌。所謂實時熒光定量PCR技術，是指在PCR反應體系中加入熒光基團。

Real-time PCR反應：多重連接依賴探針擴增（MLPA):允許用單個引物對擴增多個靶標，從而避免多重PCR的分辨率限制。多重聚合酶鏈反應:由單個PCR混合物中的多個引物組組成，以產生對不同DNA序列特異的不同大小的擴增子。通過同時靶向多個基因，可以從單次測試中獲得額外的信息，否則將需要幾次試劑和更多時間來執行。每個引物組的退火溫度必須優化，以在單個反應中正確工作，并符合擴增子尺寸。也就是說，當通過凝膠電泳可視化時，它們的堿基對長度應該足夠不同以形成不同的條帶。實時定量PCR通用電腦，自動分析軟件等構成。武漢血液RT-PCR檢測技術技術服務

聚合酶鏈式反應的模板的取材主要依據PCR的擴增對象。黃山特殊樣本熒光PCR

Real-time PCR鏈反應的常見問題分析與解決方法：反應緩沖液未完全融化或未充分混勻。確保反應緩沖液融化完全并徹底混勻。引物特異性差。利用BLAST檢查引物特異性或重新設計引物。引物量過多。減少反應體系中引物的用量。模板量過多。質粒DNA的用量應<50ng，而基因組DNA則應<200ng。外源DNA污染。確保操作的潔凈。陰性對照出現條帶：試劑，頭，工作臺污染。使用全新的試劑和頭，對工作臺進行清潔。條帶大小與理論不符：污染。使用全新的試劑和頭，對工作臺進行清潔。模板或引物使用錯誤。更換引物和模板。基因亞型。對研究的基因進行序列分析和BLAST研究。逆轉錄-聚合酶鏈反應較廣用于表達譜，以確定基因的表達或鑒定RNA轉錄物的序列。黃山特殊樣本熒光PCR

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