理化指標。食品是否符合食用要求，往往要通過理化分析，才能確認。食品的內在質量，包括物理性狀、有效成分和雜質等。理想的食品應當是無毒、無害而有營養的物品。要避免或減少食品加工過程中可能出現的有毒、有害物質，一般食品都根據不同的食用要求定出理化指標，根據不同的品類，訂出所含有毒有害物質的限量。

微生物指標。微生物種類很多，對人有利的有酵母菌、乳酸菌等；對人有毒有害的有結核菌、葡萄球菌等。所有微生物的生存和繁殖都需要一定的水、空氣、溫度和養分，而凡是食品都具備這些條件，因此食品很容易寄生和繁殖各種微生物。食品衛生標準中所規定的微生物指標，一般是指應加以控制或限制的含菌種類和數量，如大腸菌群、致病菌等。