總體來說，我國農(nóng)業(yè)微生物種質(zhì)資源的保護與利用面臨嚴峻挑戰(zhàn)。一是保護與利用體系有待完善。在《意見》發(fā)布之前，我國農(nóng)業(yè)微生物種質(zhì)資源工作缺乏總體布局和統(tǒng)一部署，資源調(diào)查工作不系統(tǒng)，重復(fù)投資、低水平開發(fā)現(xiàn)象嚴重。二是精細鑒定與系統(tǒng)評價有待提升。微生物種類繁多、代謝多樣，大量具有科學價值和應(yīng)用前景的農(nóng)業(yè)微生物種質(zhì)資源“深藏庫中無人識”，限制了將種質(zhì)資源轉(zhuǎn)化為支撐種業(yè)發(fā)展、補齊資源保護與利用短板、解決種源“卡脖子”問題的中軸競爭力。三是國家農(nóng)業(yè)微生物種質(zhì)資源庫建設(shè)有待加強。農(nóng)業(yè)微生物種質(zhì)資源需要專業(yè)的保藏技術(shù)、多樣的保藏方式和特殊的保藏設(shè)施。通過走訪調(diào)研發(fā)現(xiàn)，全國各保藏單位普遍存在經(jīng)費不足、設(shè)備簡陋、手段單一、共享不利等現(xiàn)象，資源面臨污染、退化、甚至滅失的風險，急需在硬件設(shè)施、專業(yè)隊伍、信息整合等方面加大投入。我國農(nóng)業(yè)微生物種質(zhì)資源保護與利用工作任重而道遠。